Pierwsza w Polsce katedra chirurgii została utworzona w Krakowie w roku 1779 w czasie reformy Akademii Krakowskiej przez Hugo Kołłątaja. Chirurgia, która do tej pory była domeną cyrulików i balwierzy stała się dziedziną nauki. Ta symbioza rzemiosła chirurgicznego i nauki uniwersyteckiej legła u podstaw krakowskiej szkoły chirurgicznej, której „kręgosłupem” była katedra chirurgii. Historia chirurgii krakowskiej obejmująca 226 lat odzwierciedla dzieje światowej chirurgii. Okres ten jest także istotny w aspekcie dziejów państwa polskiego od czasów panowania ostatniego króla polskiego Stanisława Augusta Poniatowskiego i zrywu narodowego w obronie niepodległości, jakim było powstanie kościuszkowskie poprzez okres rozbiorów oraz równie burzliwe lata do końca XX wieku. Tutaj też zrodziła się idea zjednoczenia chirurgów polskich w czasach rozbiorów, gdy szanse odzyskania niepodległości były prawie żadne.
Gdy Hugo Kołłątaj reformował Akademię Krakowską nie miał problemów ze znalezieniem odpowiedniego kandydata na profesora nowoutworzonej katedry chirurgii. Został nim pijar Rafał Józef Czerwiakowski (1743-1816), którego nazywamy ojcem chirurgii polskiej. W trudnych czasach I-szej Rzeczypospolitej tylko wybitne jednostki mogły podołać stawianym im zadaniom. Rafał Czerwiakowski był profesorem chirurgii w latach 1779-1803. W ciągu 24 lat swojej działalności na tym stanowisku stworzył podstawy chirurgii klinicznej, a jego działalność w tej dziedzinie jest tematem wielu legendarnych opowieści. Ten wybitny człowiek łączył w sobie cechy wybitnego lekarza, mistrza rzemiosła chirurgicznego i wielkiego humanisty. Mimo napisania wielu prac o tym zasłużonym Polaku, odnosi się wrażenie, że twórca krakowskiej szkoły chirurgicznej pozostaje w cieniu swoich wybitnych następców. Jednak wzorzec profesora chirurgii Wszechnicy Krakowskiej pozostał niezmieniony, a jego następcy szli wytyczonym szlakiem. Do czasów obecnych jest on wzorem do naśladowania także jako wybitny nauczyciel pierwszych pokoleń chirurgów, autor pierwszego polskiego podręcznika chirurgii „Nauka chirurgii uniwersalnej” i wielotomowego dzieła „Narządu Powszechnego Opatrzenia Chirurgicznego” część I-VI.
Kolejnym kreatorem krakowskiej szkoły chirurgicznej był Ludwik Bierkowski (1801-1860), który w latach 1830-1860 był profesorem katedry chirurgii Akademii Krakowskiej. Należy podkreślić, że Ludwik Bierkowski został powołany na to stanowisko w wieku 29 lat. Wybór w tak młodym wieku był wyrazem uznania jego osiągnięć jako autora pierwszego atlasu anatomiczno-chirurgicznego. Uczestnik powstania listopadowego po jego upadku wrócił do Krakowa. Zasłynął jako biegły chirurg i również świetny pedagog. Do dnia dzisiejszego są aktualne jego wypowiedzi dotyczące etyki zawodowej. Założył muzeum anatomopatologiczne, do którego zebrał w trakcie wycieczek ok. 700 eksponatów. Już w następnym roku tj. 6 lutego 1847 r. po pierwszym znieczuleniu eterowym, wykonanym w USA w 1846 r. wprowadził je u chorych operowanych w Krakowie. Był także autorem Roczników kliniki chirurgicznej – pierwszego czasopisma medycznego na ziemiach polskich.
Jednym z kolejnych następców był Jan Mikulicz-Radecki (1850-1905), jeden z największych chirurgów w dziejach tej dyscypliny klinicznej. Był profesorem chirurgii w Krakowie, następnie w Królewcu i w końcu we Wrocławiu. Okres krakowski działalności profesora Jana Mikulicza-Radeckiego został bliżej poznany między innymi dzięki pamiętnikowi jego żony Henrietty Pacher oraz materiałom pruskiego archiwum zawierającego korespondencję ówczesnego ministra oświaty Friedricha Althoffa z Mikuliczem. Względy rodzinne zadecydowały o przeniesieniu się Mikulicza z Wiednia do Krakowa. Jego znane wystąpienie na temat swojego pochodzenia nie budzi wątpliwości, co do polskiego rodowodu. Natomiast jego umiejscowienie w kręgu wpływów niemieckich w okresie rozbiorów Polski zadecydowało o takiej, a nie innej drodze życia. Okres krakowski, w którym Mikulicz uzyskał pierwsze samodzielne stanowisko pozwolił na rozwój jego osobowości chirurga, naukowca i intelektualisty. To właśnie w Krakowie Mikulicz rozwinął rozpoczęte w Wiedniu badania dotyczące wziernikowania żołądka, którymi zasłużył sobie na miano ojca endoskopii przewodu pokarmowego. Także w Krakowie poczynił największe swoje osiągnięcia w chirurgii żołądka i tu wykonał plastykę odźwiernika w 1886 r., znaną obecnie jako plastyka Heinecke-Mikulicza. Jego zamierzenie budowy nowej kliniki chirurgicznej zostało zrealizowanie dopiero przez następcę, ale można sformułować stwierdzenie, że nie byłoby szeroko znanej krakowskiej chirurgii bez światowej sławy chirurga Mikulicza oraz bez jego pobytu w Krakowie. Jego następca Ludwik Rydygier (1850-1920) jest drugim obok Jana Mikulicza-Radeckiego najbardziej znanym w świecie kontynuatorem krakowskiej szkoły chirurgicznej. Wprawdzie swój start rozpoczął w Chełmnie, gdzie jako drugi w świecie wykonał resekcję żołądka z powodu raka, jednak dopiero w Krakowie jego wszechstronny talent zabłysnął pełnym światłem. Stanowisko profesora Uniwersytetu Jagiellońskiego zmieniło pozycję tego dotychczas prowincjonalnego chirurga, chociaż eksponowanie swojej polskości, mimo niemieckiego pochodzenia, nie sprzyjało utrwaleniu zdominowanej przez Niemców areny międzynarodowej. Należy podkreślić, że Rydygier dopiero w ostatnich 20-tu latach doczekał się przywrócenia należnego mu miejsca wśród chirurgów świata. Starał się także o stworzenie forum wymiany myśli i prezentacji wyników badań, jakimi były zjazdy chirurgów polskich oraz powołanie Towarzystwa Chirurgów Polskich. Ludwik Rydygier zorganizował też w 1889 roku I-szy Zjazd Chirurgów Polskich, który połączył z otwarciem nowej kliniki chirurgicznej w Krakowie. Był to pierwszy w Europie budynek wybudowany dla potrzeb chirurgii, bowiem dotychczas wykorzystywano pomieszczenia poklasztorne.
Następnie na wyróżnienie zasługuje Alfred Obaliński (1843-1898) świetny chirurg i nauczyciel, który żył w czasach Mikulicza i Rydygiera i z nimi przegrywał rywalizację o stanowisko profesora katedry chirurgii w Krakowie. Będąc na miejscu kierował katedrą w okresie „interregnum” przed wyborem Mikulicza. Jednak dopiero po przejściu Rydygiera do Lwowa doczekał się stanowiska kierownika katedry chirurgii UJ. Niestety na tym stanowisku był tylko przez rok. Śmierć po operacji pęcherzyka żółciowego we Wrocławiu przerwała jego wspaniałą działalność. Niewielu ludzi żegnano w Krakowie z takim żalem jak Obalińskiego. Był on wspaniałym chirurgiem, który jako pierwszy lekarz w Polsce wykorzystał promienie Roentgena do prześwietlenia łokcia i wykrycia skutku urazu (10 lutego 1896 r.), już w miesiąc po pierwszej publikacji Roentgena.
Po Alfredzie Obalińskim katedrę chirurgii objął Bronisław Kader (1863-1937) i kierował nią w latach 1889-1924. Był uczniem Mikulicza we Wrocławiu, który rekomendował go na kierownika katedry w Krakowie. Wspólnie z Mikuliczem prowadził badania doświadczalne z zakresu chirurgii, które kontynuował w Krakowie. Niestety choroba przerwała jego aktywność zawodową już w roku 1917-tym. Miał cały czas nadzieję, że wróci do zdrowia i podejmie swoje obowiązki zawodowe. Niestety do zdrowia już nie wrócił, ale gdy był czynny zawodowo zapewnił krakowskiej chirurgii rozkwit i był godnym kontynuatorem krakowskiej szkoły chirurgicznej. Wykonał pierwszą w Polsce resekcję wątroby.
W okresie choroby prof. Kadera jego obowiązki przejął Maksymilian Rutkowski (1867-1947), dotychczasowy ordynator Oddziału Chirurgicznego szpitala św. Łazarza. W swojej długiej drodze do stanowiska profesora chirurgii był najpierw ordynatorem oddziału chirurgicznego szpitala św. Łazarza, a następnie mimo mianowania na profesora UJ, czekał aż prof. Bronisław Kader ustąpi ze stanowiska ze względu na swoją długoletnią chorobę. Maksymilian Rutkowski zasłynął jako biegły chirurg. Był inicjatorem zastąpienia wyciętej części przełyku żołądkiem, którą to metodę znaną w piśmiennictwie, jako metoda Rutkowski-Lortat-Jacob po modyfikacjach stosuje się nadal na świecie. Po przejściu prof. Maksymiliana Rutkowskiego do I Katedry Chirurgii UJ, jego miejsce w szpitalu św. Łazarza zajął Jan Glatzel (1888-1954). Był on jednym z najbieglejszych polskich chirurgów w XX wieku, ordynatorem oddziału chirurgii w szpitalu św. Łazarza, przekształconym w roku 1920 w II Katedrę Chirurgii, a w latach 1937-1948 był profesorem I Katedry Chirurgii Uniwersytetu Jagiellońskiego w Krakowie. Zasłynął jako pierwszy polski chirurg, który usunął wyspiaka trzustki produkującego insulinę, otwierając tym samym nowy dział chirurgii endokrynologicznej. Pierwszą operację wykonał w 1939 roku, a drugą na początku 1940 r. zanim Niemcy zajęli Klinikę.
W okresie powojennym na stanowisko profesora powrócił prof. Jan Glatzel, ale tylko na krótki okres czasu. Jego następcą został profesor Józef Bogusz (1904-1993), który rozwinął chirurgię tarczycy, ponieważ region karpacki był terenem endemicznym wola, a liczba kobiet z tą chorobą była najwyższa w Polsce.
W latach 1975-2003 funkcję kierownika Kliniki pełnił profesor Tadeusz Popiela. W okresie tym w Katedrze stworzono nowoczesne pracownie: endoskopową, ultrasonograficzną, motoryki oraz psychologiczną. Dzięki wyżej wymienionym pracowniom wprowadzono po raz pierwszy w Polsce nowatorskie metody cholangioskopii śródoperacyjnej, endoskopii zabiegowej i ultrasonografii.
Utworzona w Katedrze pracownia endoskopowa jest jedną z najbardziej znanych w Polsce, a jej wysoki poziom jest wspólnym osiągnięciem Profesora i jego współpracowników, zwłaszcza profesor Danuty Karcz. Chirurgia endoskopowa stała się w Katedrze metodą chirurgii minimalnie inwazyjnej, a wprowadzenie nowoczesnej laparoskopii było kontynuacją idei kreowania chirurgii maksymalnie oszczędnej.
Ważną metodą diagnostyczną chorób przewodu pokarmowego jest ultrasonografia. Pracownia został utworzona i rozbudowana przez zespół pracowników Kliniki pod kierunkiem profesora Jana Kuliga, który wprowadził do chirurgii ultrasonografię śródoperacyjną jak również ultrasonografię przez otwory naturalne i jamy ciała (endoskopowa ultrasonografia, endorektalna i przewodowa). Zespół Kliniki opublikował pierwszą w Polsce pracę dotyczącą diagnostyki ultrasonograficznej pęcherzyka żółciowego u chorych z kamicą. Innym kierunkiem praktycznego zastosowania nowoczesnych metod diagnostycznych w Katedrze było wprowadzenie manometrii i pH-metrii, które wykorzystywano w leczeniu chorych z chorobą refluksową i kurczu wpustu. Natomiast manometrię wykorzystuje się także w diagnostyce i leczeniu chorób dróg żółciowych.
Ważnym zadaniem Katedry było kontynuowanie od czasów Rydygiera i Mikulicza tradycji chirurgii żołądka. Dotyczyło to choroby wrzodowej żołądka i dwunastnicy oraz raka żołądka. Badania nad rakiem żołądka zaowocowały opracowaniem zasad postępowania diagnostycznego i terapeutycznego w tym jednym z najczęstszych nowotworów człowieka oraz znalazły w Polsce wysokie uznanie i były przedmiotem prac naukowych, publikowanych w czasopismach krajowych i zagranicznych, a także wydawnictw książkowych.
Coraz większa liczba chorych z nowotworami przewodu pokarmowego, trzustki wątroby i dróg żółciowych trafiających do Kliniki wpłynęła na zmianę jej profilu, w którym zaczęła dominować chirurgia onkologiczna. W leczeniu chorych z nowotworami coraz większe znaczenie obok chirurgii ma radioterapia i chemioterapia. W Klinice został utworzony oddział chemioterapii dla chorych leczonych z powodu nowotworów. Wprowadzono także radioterapię śródoperacyjną, oddano do użytku salę operacyjną z możliwością wykonywania radioterapii śródoperacyjnej.
W 1989 roku zespół Kliniki zorganizował jubileuszowy Zjazd TChP w stulecie jego powstania i w 200-lecie utworzenia pierwszej katedry chirurgicznej w Polsce. Był to największy Zjazd w historii TChP, tak pod względem organizacyjnym, jak i naukowym. Profesor Tadeusz Popiela w 2000 roku został Prezesem Europejskiego Towarzystwa Chirurgicznego (European Society of Surgery – ESS) a zespół Kliniki zorganizował pierwszy w Polsce, 4-ty Zjazd tego Towarzystwa.
W roku 2003 po odejściu profesora Tadeusza Popieli na emeryturę kierownikiem Katedry został profesor Jan Kulig, który jest pracownikiem Katedry od 1975 r. W ciągu 28 lat pracy prof. Jan Kulig zdobył specjalizację z chirurgii ogólnej oraz uzyskał stopnie naukowe od doktora medycyny ( roku 1978), do profesora zwyczajnego (w roku 2005) włącznie.
Prof. Jan Kulig został kierownikiem Katedry w okresie przemian ustrojowych i gospodarczych, które przeobraziły życie w Polsce, a szczególnie istotne zmiany dotyczą ochrony zdrowia. Wprowadzenie kas chorych, a następnie Narodowego Funduszu Zdrowia wymusiło na jednostkach służby zdrowia wdrożenie nowych zasad funkcjonowania, uwarunkowanych kosztami i nakładami. Obecnie Katedra nie generuje długów, chociaż ograniczono liczbę i zakres działalności, aktywizując głównie działalność chirurgiczną.
Zakres działalności naukowo-badawczej i zawodowej prowadzonej w I Katedrze Chirurgii Ogólnej CMUJ obejmuje zagadnienia związane z chirurgią ogólną, a szczególnie ze schorzeniami przewodu pokarmowego, problematyką nowotworów w aspekcie klinicznym oraz nauk podstawowych, schorzeń sutka i przeszczepów nerek.
W grupie nienowotworowych schorzeń chirurgicznych koncentrujemy się na:
Pozostałe kierunki badań dotyczą między innymi wczesnej diagnostyki raka sutka, zastosowania biopsji mammotomicznej stereotaktycznej oraz badań genetycznych w raku sutka. Prowadzone są również projekty służące udoskonaleniu technik teleinformatycznych znajdujących zastosowanie w medycynie.
Katedra prowadzi szeroko zakrojone badania dotyczące schorzeń nowotworowych przewodu pokarmowego. Prowadzone programy badawcze dotyczą między innymi: